武藤さん化学
をテンプレートにして作成
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開始行:
[[由利恵]]
*目次 [#aa932564]
#CONTENTS
*有機合成に最適な酵素候補提示のための特徴量エンジニアリン...
**プログラム [#t0be0f3f]
容量が大きかったため、ここには載せることが出来なかった~
[[Google Drive1920:https://drive.google.com/drive/u/2/fol...
学生→20_o4武藤（さん）→~
からプログラムを持ってくる~
**準備 [#s69c86f8]
***Anaconda [#l175a5e1]
プログラムを実行するときには「コマンドプロンプト」からで...
[[Anaconda:https://www.anaconda.com/download/]]~
からダウンロードする~
anacondaを立ち上げたときに~
#ref(m6.png)
となっていたら
conda activate rdkit
を入力し(rdkit)に変える~
**説明 [#rbdca96a]
***加工（dataset） [#a9835a99]
1つ1つの中身はコメントアウトで書いてくださっている~
- ''&color(black){left/right_sms};''~
化学反応式SMILESのデータセットを読み込み、右辺と左辺に分...
#br
#ref(m1.png,,40%)
#br
#ref(m2.png,,40%)
#br
- ''&color(black){left/right_smsDF};''~
left/right_smsのデータを表に起こした~
#br
#ref(m3.png,,40%)
#br
#ref(m4.png,,40%)
#br
- ''&color(black){remv_smsDF};''~
#br
#ref(m5.png,,40%)
- ''&color(black){FeatV};''~
化合物の特性値の情報が書かれている
#ref(m7.png,,40%)
- ''&color(black){ECdf6};''~
計算結果の呼び出し
#ref(m8.png,,40%)
- ''&color(black){left_vec};''~
左辺の全化合物に対して210種の特性値を計算結果
#ref(m9.png,,40%)
''&color(black){right_vec};''~
右辺の全化合物に対して210種の特性値を計算結果
#ref(m10.png,,40%)
***モデル [#jf8d03b7]
''&color(black){diff_vecDF5};''~
特性値変化量が全て0のデータ削除した結果
#ref(m11.png,,40%)
''&color(black){Xtest};''~
テストデータ・ラベルの保存
#ref(m12.png,,40%)
''&color(black){Xtrain};''~
学習データ・ラベルの保存
#ref(m13.png,,40%)
''&color(black){scores_X};''~
1～30までの記述子組合せスコアのリスト
#ref(m14.png,,40%)
''&color(black){repoXdf_re};''~
テストデータ分類結果
#ref(m15.png,,40%)
''&color(black){Xtest1XX };''~
テストデータの作成
#ref(m16.png,,30%)
''&color(black){best_model1XX};''~
最適モデルの読み込み
#ref(m17.png,,40%)
''&color(black){repo1XX};''~
テストデータの分類結果
#ref(m18.png,,40%)
''&color(black){scores_X};''~
''&color(black){scores_X};''~
・あなこんだインストール
・アナコンダプロンプトから
anaconda rdkit専用チャネルの作成
入力
・x-x-xの部分は3.8.8を入力
終了行:
[[由利恵]]
*目次 [#aa932564]
#CONTENTS
*有機合成に最適な酵素候補提示のための特徴量エンジニアリン...
**プログラム [#t0be0f3f]
容量が大きかったため、ここには載せることが出来なかった~
[[Google Drive1920:https://drive.google.com/drive/u/2/fol...
学生→20_o4武藤（さん）→~
からプログラムを持ってくる~
**準備 [#s69c86f8]
***Anaconda [#l175a5e1]
プログラムを実行するときには「コマンドプロンプト」からで...
[[Anaconda:https://www.anaconda.com/download/]]~
からダウンロードする~
anacondaを立ち上げたときに~
#ref(m6.png)
となっていたら
conda activate rdkit
を入力し(rdkit)に変える~
**説明 [#rbdca96a]
***加工（dataset） [#a9835a99]
1つ1つの中身はコメントアウトで書いてくださっている~
- ''&color(black){left/right_sms};''~
化学反応式SMILESのデータセットを読み込み、右辺と左辺に分...
#br
#ref(m1.png,,40%)
#br
#ref(m2.png,,40%)
#br
- ''&color(black){left/right_smsDF};''~
left/right_smsのデータを表に起こした~
#br
#ref(m3.png,,40%)
#br
#ref(m4.png,,40%)
#br
- ''&color(black){remv_smsDF};''~
#br
#ref(m5.png,,40%)
- ''&color(black){FeatV};''~
化合物の特性値の情報が書かれている
#ref(m7.png,,40%)
- ''&color(black){ECdf6};''~
計算結果の呼び出し
#ref(m8.png,,40%)
- ''&color(black){left_vec};''~
左辺の全化合物に対して210種の特性値を計算結果
#ref(m9.png,,40%)
''&color(black){right_vec};''~
右辺の全化合物に対して210種の特性値を計算結果
#ref(m10.png,,40%)
***モデル [#jf8d03b7]
''&color(black){diff_vecDF5};''~
特性値変化量が全て0のデータ削除した結果
#ref(m11.png,,40%)
''&color(black){Xtest};''~
テストデータ・ラベルの保存
#ref(m12.png,,40%)
''&color(black){Xtrain};''~
学習データ・ラベルの保存
#ref(m13.png,,40%)
''&color(black){scores_X};''~
1～30までの記述子組合せスコアのリスト
#ref(m14.png,,40%)
''&color(black){repoXdf_re};''~
テストデータ分類結果
#ref(m15.png,,40%)
''&color(black){Xtest1XX };''~
テストデータの作成
#ref(m16.png,,30%)
''&color(black){best_model1XX};''~
最適モデルの読み込み
#ref(m17.png,,40%)
''&color(black){repo1XX};''~
テストデータの分類結果
#ref(m18.png,,40%)
''&color(black){scores_X};''~
''&color(black){scores_X};''~
・あなこんだインストール
・アナコンダプロンプトから
anaconda rdkit専用チャネルの作成
入力
・x-x-xの部分は3.8.8を入力
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