武藤さん化学 の履歴(No.4)

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• 武藤さん化学 へ行く。
  • 1 (2024-02-29 (木) 11:25:21)
  • 2 (2024-02-29 (木) 11:27:17)
  • 3 (2024-02-29 (木) 15:48:04)
  • 4 (2024-03-04 (月) 11:39:15)
  • 5 (2024-03-04 (月) 16:31:56)

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由利恵?

目次 

有機合成に最適な酵素候補提示のための特徴量エンジニアリングによる EC 番号予測 

プログラム 

容量が大きかったため、ここには載せることが出来なかった

Google Drive1920

学生→20_o4武藤（さん）→

からプログラムを持ってくる

準備 

Anaconda 

プログラムを実行するときには「コマンドプロンプト」からではなく「Anaconda Prompt」で行う

Anaconda

からダウンロードする

説明 

加工（dataset） 

上から順に実行していく

化学式とEC番号で並べてEC番号を抜き出す

反応式の右辺と左辺を分ける

左辺・右辺に分けたものをそれぞれ１つの化合物に分ける

実行して左辺がちゃんと分解されているかを確認する

もう一度左辺と右辺の化合物をまとめ、重複しているものを探す

Molオブジェクトに変換する

Rdkit記述演算子計算１（ここ詳しく）

Rdkit記述演算子計算２（ここ詳しく）

削除される化合物を確認する

・あなこんだインストール ・アナコンダプロンプトから anaconda rdkit専用チャネルの作成 入力

・x-x-xの部分は3.8.8を入力