武藤さん修論_backup の履歴(No.2)

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  • 1 (2024-02-26 (月) 18:48:57)
  • 2 (2024-02-26 (月) 19:02:01)
  • 3 (2024-02-29 (木) 17:51:53)
  • 4 (2024-02-29 (木) 19:55:32)
  • 5 (2024-03-01 (金) 00:39:18)
  • 6 (2024-03-04 (月) 16:11:54)
  • 7 (2024-03-06 (水) 18:56:34)
  • 8 (2024-03-08 (金) 17:21:18)
  • 9 (2024-03-13 (水) 02:21:38)
  • 10 (2024-03-13 (水) 20:13:23)
  • 11 (2024-03-13 (水) 23:25:54)
  • 12 (2024-03-14 (木) 02:29:51)
  • 13 (2024-03-14 (木) 16:05:04)
  • 14 (2024-03-15 (金) 03:22:49)
  • 15 (2024-03-15 (金) 18:34:57)

技術資料

研究背景 

• 有機合成では効率性や環境面から化学反応の設計に生体触媒(酵素)が利用される機会が増加
  • 酵素は化学触媒よりも環境に優しく，特定の反応物に強く作用して化学反応を早く進める
• 酵素は4桁のEC番号で分類されている
• EC番号を機械学習で予測することで，酵素分析(以下)を行う実験コストや時間の削減になる
  • 代謝経路の解析で得られた未知の酵素の性質の特定()
  • 特定の化学反応を触媒する酵素の探索

修論プログラム実装 

環境構築 

本プログラムはAnaconda上で実装する

Anacondaインストール 

以下のページからインストール https://www.anaconda.com/download#downloads

rdkitチャネル(仮想環境)の作成 

• WindowsボタンからAnaconda Promptを開く バージョン取得

  python -V

  rdkitチャネル作成

  conda create -n rdkit python=3.8.8 -y

  ※baseチャネルからrdkitチャネルに変更(Anaconda Prompt)

  conda activate rdkit

  rdkitライブラリの導入(pipでは不可)

  conda install rdkit -c conda-forge

  jupyterカーネル導入

  pip install jupyter environment_kernels

  jupyter起動

  jupyter notebook

• 次回以降起動は以下2コマンドで起動する

  # anaconda promptを起動し，(base)の部分で以下を入力
  (base) C:\Users\～～～>activate rdkit
  (rdkit) C:\Users\～～～>jupyter notebook